高新技术企业认定主管部门：科技、财政、税务部门；其他相关部门：环保、质量/安监、审计等部门。

每个部门所审查的要点不同，如：科技部门会对企业技术领域是否属于管理办法或工作指引中的领域、专利权属及专利时效确认、主要产品（服务）收入占高新收入比例是否超过50％、申报前后各期数据对比及与高新年报数据对比、申报材料各项指标核对；

财政部门每年定期对承担高企审计的事务所进行底稿等风险检查，并抽选部分企业进行延伸检查、会计师事务所行业协会自律检查。

不同申请领域的高新技术企业会安排相关专家进行评分，并且每个领域的通过率不同。